Assisi, come d’altro canto il resto della regione, era abitata in origine, dagli Umbri.
Successivamente, la città, risentì dell’influenza etrusca e romana documentata, quest’ultima, dalle numerose testimonianze romane come la facciata del Tempio di Minerva, i resti del Forum, le mura romane e l’anfiteatro.
Dopo la caduta dell' Impero Romano la citta', intorno al 545, venne insediata dai Goti e successivamente dai Longobardi.
Fu solo con l'anno 1000 che divenne un comune indipendente e, proprio durante questo periodo, conobbe uno sviluppo straordinario soprattutto grazie ai movimenti monastici (in special modo quello dei Benedettini).
Nel 1180 circa, nacque San Francesco, il cittadino più famoso di Assisi e fu nel 1202 che, durante una guerra con la vicina Perugia, Francesco fu fatto prigioniero e tenuto in carcere per oltre un anno.
Dal 1206, Francesco si dedicò a Cristo attraverso il servizio e l’aiuto ai poveri, vivendo come povero egli stesso.
Famosa è la sua rinuncia pubblica, nella piazza di Assisi, a tutti i beni del ricco genitore.
Nel 1228, a due soli anni dalla sua morte, Francesco venne proclamato santo da Papa Gregorio IX.
Da quel momento la città divenne dominio imperiale e poi papale per essere, in seguito, legata a signorie come quella di Gian Galeazzo Visconti, della famiglia dei Montefeltro, di Braccio Fortebraccio e di Francesco Sforza.
Questo durò sino alla meta' del XVI secolo, quando l'Umbria fu conquistata da Papa Paolo III che costrui' la famosa "Rocca Paolina" a Perugia ristabilendo il controllo papale sulla città e su tutti gli altri insediamenti.
Secoli dopo, nel diciannovesimo secolo, la citta' divenne parte del nascente Stato Italiano, insieme alle altre citta' dell'Umbria.